Tenés que usar utf8_encode().
Código PHP:
<?php
$prueba = isset($_POST['prueba']) ? $_POST['prueba'] : false;
$prueba = utf8_encode($prueba);
$prueba = strtolower($prueba);
//Reemplazamos caracteres especiales latinos
$find = array('á','é','í','ó','ú','ñ');
$repl = array('a','e','i','o','u','n');
$prueba = str_replace($find,$repl,$prueba);
echo $prueba.'<br />';
?>
Saludos