Convertir de texto a time

[jxcampos]

Les comento que yo transfiero de un servidor de linux a una carpeta de windows por medio de la aplicacion fillezilla un archivo de excel que contiene 24 columas. De esas columnas la columna 0 me muestra la siguiente informacion:

TIME
01:16.4
02:16.4
03:16.4

Esta informacion yo la importo con codigo php a una base de datos mysql de phpadmin. La BD contine una columna con el nombre COL1 de tipo time como se muestra acontinuacion:

COL1
00:01:16.357000
00:02:16.370000
00:03:16.381000
00:04:16.392000

Con esa informacion yo genero un grafico con codigo php, El problema que tengo es necesito mostrar la informacion de la siguiente manera pero no encuentro la forma de hacerlo

COL1

00:01:16
00:02:16
00:03:16
00:04:16
00:05:16
00:06:16
00:07:16

Nota:La fila 00:01:16 en realidad representa 03/11/2014 12:01:16 a.m. cuando yo en el excel le doy formato tipo time hh:mm:ss

Talvez alguien me pueda ayudar con esto porque estoy desesperado y necesito general la grafica