Tienes que modificar el max_execution_time y memory limit de tu php.ini para trabajar con archivos tan grandes como primera medida, luego tienes que mirar si esta clase soporta dicha cantidad.
Para trabajar con PDF's aqui tienes unas referencias del manula
http://php.net/manual/es/ref.pdf.php
Si preguntas yo qué haría, te diría que agregaria una marca o metainformacion para despues sacarla y de esta manera crear el indice, algo como así:
Libro x - pagina 1 - Titulo : XXX
¡Que puedas resolver tu problema!
