Si el js externo está incluído luego de la función, las podés llamar tranquilamente.
Código HTML:
<p>Soy un HTML</P>
<script type="text/javascript">
function unaFuncion() {
console.log('hola, soy una funcion');
}
</script>
<p>Más HTML</p>
<script type="text/javascript" src="js/jsExterno.js"></script>
Y en el js externo:
Verás que se ejecuta sin problemas,