Yo usé para mi blog el theme basic:
https://www.drupal.org/project/basic
La verdad que no es nada del otro mundo, pero está basado en sass, bourbon, neat, y tiene fácil configuración con grunt, entonces me viene de pelos.
Quizás Omega, y en general todos los themes más famosos de Drupal, están preparados más para site builders que para desarrolladores. Yo no necesito declarar una media query desde el dashboard de Drupal, la creo yo como variable de Sass y yo me configuro todo el frontend de la web como yo quiera. Pero también entiendo que mucha gente no tiene conocimientos de eso y necesita hacerlo desde un panel de control.
En cuanto a tu sitio, has visto en la consola de tu navegador si hay algún fichero css que no está cargado? Me parece muy raro lo que te pasa.
Saludos.