Puedes hacer el seguimiento de clics mediante Event Tracking de Google Analytics. Aquí tienes más información al respecto y algunos ejemplos:
https://developers.google.com/analyt...s/events?hl=es
Es importante que te fijes qué versión del script de GA tienes en tu web para no cometer errores.
Con respecto a la indexación de 'contar_click.php' lo que te recomiendo es que agregues tu web en
Google Webmaster Tools y elimines ese URL del índice desde "Índice de Google / Eliminación de URL" y allí ingresas el URL en cuestión.
Saludos