llamar método mediante javascript

[davidosky]

buenas, estoy empezando a utilizar asp y tengo mucho por aprender, actualmente estoy haciendo una aplicacion online y me quede con unos problemas a la hora de mostrar mensajes para lo cual utilizo javascript, y es q kiero hacer lo siguiente:
Elimino una materia y cuando se completa el proceso muestro una alerta, luego si no se puede eliminar, muestro otro mensaje de confirmacion para continuar con la deshabilitacion de la materia, pero al momento d presionar en "aceptar" del mensaje de confirmacion no realiza la accion de llamar al metodo de desabilitar.
Adjunto parte del codigo q estoy utilizando.
pagina:
<script type="text/jscript">
function confirmarEliMate() {
var seleccion = confirm("No se pudo eliminar la materia, esto se debe a que la materia se está dictando actualmente o ya se dictó. De todas formas, ¿Desea deshabilitar esta materia?");
if (seleccion) {
var objBoton = document.getElementById("ButtonMatDes");
if (objBoton) {
objBoton.click();
}
}
}
</script>
codigo c#:
protected void ButtonMatEli_Click(object sender, EventArgs e)
{
ControladorMateria ControMater = new ControladorMateria();
if (ControMater.Eliminar(TextBoxMatID.Text))
{
string script = @"<script type='text/javascript'>
alert('Se ha eliminado la materia seleccionada');
</script>";
ScriptManager.RegisterStartupScript(this, typeof(Page), "alerta", script, false);
}
else
{
string script = @"<script type='text/javascript'>
confirmarEliMate();
</script>";
ScriptManager.RegisterStartupScript(this, typeof(Page), "confirmarEliMate", script, false);
}
Lista_MateriasH();
}
protected void ButtonMatDes_Click(object sender, EventArgs e)
{
..............
}

Agradeceria cualquier ayuda, Gracias.