Pues imagino que evaluando el query string que recibe:
http://www.anunciante.com/index.php?id={tu_id_de_afiliado}
o si el anunciante tuviera diversos programas de afiliacion...
http://www.anunciante.com/index.php?id1={el_id_del_programa_de_afiliacion}&id2={tu_id_de_a filiado}
Supongo que crearán un sistema de control mediante sesiones para saber el recorrido que el visitante referido hace por la página.
Pero todo esto solo son conjeturas, lo cierto es que no me he fijado en ello...
Saludos.