Usa la función:
set_time_limit()
ajustado a varios minutos (se expresa en segundos .. siendo 0 "infinito) al principio de tu script ... Con eso extenderás el tiempo de ejecución de tu script de los 30 segundos por defecto que suele "venir" php pre-configurado a lo que requieras...
mas info:
www.php.net/set_time_limit
Un saludo,