Con pagos parciales te refieres a pagos a plazos supongo. O al pago de un porcentaje al hacer la compra.
No conozco nada al respecto aunque he visto este plugin
http://codecanyon.net/item/woocommer...orldWideThemes
¿Has considerado si algún plugin de pago por suscripción podría valerte? En caso de que fueran pagos recurrentes a partes iguales. Por dar ideas.