Depende de la estructura de tu sitio y el enfoque que le quieras dar
Mucha gente prefiere usar un MVC para trabajar la lógica de negocio y la interfaz del usuario por separado. Generalmente se hace utilizando bases de datos para gestionar los datos que va a usar la aplicación (modelo), y la parte de cómo se van a mostrar al cliente (vista), unidos mediante un controlador.
PHP tiene muchos frameworks orientados a ello...