ok, esta solucionado. Por si alguien le interesa se puede hacer lo siguiente, poner un body para cada agrupacion y definir la clase par-imapr para ese body.
Código PHP:
tbody:nth-child(even) {
background: #CCC;
}
Código PHP:
<tbody>
<tr>
<td rowspan="2"><input value="a"></input></td>
<td rowspan="1"><input value="b"></input></td>
<td rowspan="1"><input value="b"></input></td>
<td rowspan="2"><input value="a"></input></td>
</tr>
<tr>
<td rowspan="1"><input value="b"></input></td>
<td rowspan="1"><input value="b"></input></td>
</tr>
</tbody>
<tbody>
<tr>
<td rowspan="2"><input value="a"></input></td>
<td rowspan="1"><input value="b"></input></td>
<td rowspan="1"><input value="b"></input></td>
<td rowspan="2"><input value="a"></input></td>
</tr>
<tr>
<td rowspan="1"><input value="b"></input></td>
<td rowspan="1"><input value="b"></input></td>
</tr>
</tbody>