consulta de fechas con between

[gnzsoloyo]

Será que estoy formulado mal la consulta sql.

No necesariamente, pero tiene todo el aspecto d eun problema de datos.
hay dos condiciones en tu query, y para ponerla limpia usando INNER JOIN en lugar de JOIN implícito. Te recomiendo que los evites.

Código MySQL:

SELECT
  C.cedula,
  C.fecha_inicial,
  C.nombre,
  C.apellido1,
  C.apellido2,
  C.telefono,
  C.valor_credito, 
  C.tasa_interes,
  C.valor_interes,
  C.total_pagar,
  F.estado,
  F.abono_interes,
  F.mes  
FROM clientes C INNER JOIN facturas F ON C.cedula = F.cedula  
WHERE F.estado='Al dia' 
   AND  C.fecha_inicial BETWEEN '".$fecha_inicial."' AND '".$fecha_final."'
 

En primer lugar: ¿Realmente estás almacenando en la columna "estado" una cadena de texto que dice eso? No parece una condicion muy práctica, ya que es suceptible a errores, si ese dato se almacena manualmente... ¿Lo consideraste?
Por otro lado, la fecha, ese BETWEEN sólo funcionará si la columna es un DATE o DATETIME (nunca un VARCHAR), y además la fecha está en un formato "AAAA-MM-DD"
¿Eso se cumple?

Para ver si realmente anda por alli la cosa sería mejor que hicieras una prueba manual de este tipo:
1. Verificar si la query base devuelve datos:

Código MySQL:

SELECT
  C.cedula,
  C.fecha_inicial,
  C.nombre,
  C.apellido1,
  C.apellido2,
  C.telefono,
  C.valor_credito, 
  C.tasa_interes,
  C.valor_interes,
  C.total_pagar,
  F.estado,
  F.abono_interes,
  F.mes  
FROM clientes C INNER JOIN facturas F ON C.cedula = F.cedula
 

2. Verificar si hay registros con estado buscado:

Código MySQL:

SELECT
  C.cedula,
  C.fecha_inicial,
  C.nombre,
  C.apellido1,
  C.apellido2,
  C.telefono,
  C.valor_credito, 
  C.tasa_interes,
  C.valor_interes,
  C.total_pagar,
  F.estado,
  F.abono_interes,
  F.mes  
FROM clientes C INNER JOIN facturas F ON C.cedula = F.cedula  
WHERE F.estado='Al dia'
 

3. Buscar si hay registros en un rango, pero hacerlo sin uso de variables:

Código MySQL:

SELECT
  C.cedula,
  C.fecha_inicial,
  C.nombre,
  C.apellido1,
  C.apellido2,
  C.telefono,
  C.valor_credito, 
  C.tasa_interes,
  C.valor_interes,
  C.total_pagar,
  F.estado,
  F.abono_interes,
  F.mes  
FROM clientes C INNER JOIN facturas F ON C.cedula = F.cedula  
WHERE C.fecha_inicial BETWEEN '2014-11-11' AND '2014-12-10'
 

Comentanos qué devuelve cada una.