Hay varias alternativas:
 
Usar un select (SI/NO) que siempre te dará valor. 
Al momento de crear tu formulario, numerar los campos
<input type="checkbox" name="ch[0]" value="no" checked="checked" > 
Otra es recorrer los campos con un for usando otro campo que no sea el checkbox    
Código PHP:
Ver originalforeach($_POST['id'] as $indice =>$valor){
   if(isset($_POST['ch'][$indice])//verificas si existe o no el checkbox para el conjunto de campos actual. }