Tengo la impresión de que tu problema se relaciona más con PHP que con MySQL.
MySQL no maneja formularios, checkbox ni ningún objeto web, eso lo hace PHP (mas exactamente lo haces con Javascript, que peudes generar con PHP), mientras que MySQL sólo te aporta los datos para realizar la tarea.
Pero, insisto, MySQL NO HACE NADA en la pagina.
Ahora bien, yendo a la pregunta:
Cita: Mi consulta es si sería posible hacer una consulta a los filtros que no tengan ninguna relación con el producto "$row_Recordset1[id_producto]"
Poderse hacer, se puede, dependerá de la escritura. Pero ten en cuenta que si buscas por filtro sin que estén relacionados a los productos, obtendrás productos nulos, es decir, sin datos relacionados de productos.
En el caso de tu query está escritya de modo que te devuelve también su complemento, es decir, todos los productos, estén o no relacionados con los filtros...
Si el tema es la consulta y los datos obtneidos, ¿podrías darnos un ejemplo de lo que quisieras obtener, según los datos que hoy tiene cada tabla?
ASi se entendería mejor.