Eso no es un problema de PHP propiamente... es cosa de tu administrador de bases de datos... de todas maneras
mira esto a ver si te sirve de algo...
tambien tienes una línea de $cfg['Servers'][$i]['AllowNoPassword'] = true; que es en caso que uses un pass vacio.. si le pones algun valor deberías cambiar el booleano a false, o ir probando...
Asegurate que el config sea del phpmyadmin, antes de cambiar nada, siempre deberías hacer un backup de estas cosas.. saludos