He conseguido hacer lo que quería con un script de Visual Basic, que ese este.
Código:
Dim WinScriptHost
Set WinScriptHost = CreateObject("WScript.Shell")
WinScriptHost.Run Chr(34) & "start.bat" & Chr(34), 0
Set WinScriptHost = Nothing
Para que la aplicación funcione correctamente fuerzo a que se instale en C: en vez de Archivos de Programa.