Podrías guardar las rutas de los archivos en un solo campo, separados por comas o por cualquier otro caracter no alfanumérico, de esta manera, todos los archivos estarían asociados al Id que se genere al momento de hacer la inserción en la BD. Luego, cuando desees verlos, bastaría con que hagas una búsqueda en la BD, ya sea por el Id generado, por la fecha en la que los guardaste o por algún nombre que los asocie. De más está decir que los archivos los irías guardando con alguna función de PHP como
move_uploaded_file o alguna otra similar.
Los archivos debes de guardarlos —preferentemente— en un directorio en particular, de esta manera, cuando quieras obtener los archivos como resultado de la búsqueda en la BD, solo te queda colocar la ruta del directorio, concatenado con el nombre de cada archivo.
Saludos