Según tengo entendido si que funciona para enlaces internos, aunque es posible que las páginas correspondientes aún aparezcan en el índice si otros sitios están enlazados con ellas y no utilizan nofollow, o bien si las URL se envían a Google en un sitemap.
Lo he leído aquí:
https://support.google.com/webmaster...er/96569?hl=es
Revisa que todos los enlaces a esas webs tengan el nofollow y asegúrate de no tener ningún sitemap en tu web.