Buenas,
Dos cosas.
Para evitar problemas con los escapes es mejor que utilices la barra / aun cuando sea un recurso windows.
Para que no te busque el fichero en el contexto del servidor deberas indicarlo al navegador asi:
Código Javascript
:
Ver originalonclick="window.open("file://///portal/EstadisticasSAD/IndiceEstadisticas/index.jsp")"
Si, son cinco barras (/////)
Por otro lado, como ya te apuna Xerelo, estas abriendo un recurso fuera del servidor. Eso significa que lo que se va a mostrar es el codigo fuente de index.jsp y no se va a interpretar.
Si eso es lo que buscas, adelante.
Un saludo