Hola:
Es evidente entonces que el problema no es de php (donde empezaste el tema), sino de tu implementación de Ajax... (no nativo, sino desde una librería; supuestamente jquery)...
Debido a que no manejo librerías, no puedo estar seguro del error, pero intentando entender tu código, parece que no discriminas los checkboxes... sólo deberías seleccionar los chequeados.
Saludos
