Aparentemente hay otro archivo, /etc/security/access.conf, que puede estar negándote la entrada. ¿qué dice ese archivo?
Otras opciones que leo (google authentication failure ubuntu tty2) apuntan a problemas con el archivo /etc/pam.d/system-login
A alguien por ahí no le funcionaba por haber cambiado la shell de login (
https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?id=183168)