Lo correcto es usar rulas absolutas y no rutas relativas:
   
Código PHP:
Ver original- // MAL 
- require('../script.php'); 
-   
- // BIEN 
- require(dirname(- __DIR__ ) . '/script.php');
 
Debes ubicar la ruta a incluir en relación a la ruta actual del script con la constante __DIR__, y partir de ahí subir N-niveles con dirname() hacia arriba. 
¿Se entiende la idea?