Podés utilizar el método RegisterStartupScript del objeto ScriptManager:
Código C#:
Ver originalScriptManager.RegisterStartupScript(this, this.GetType(), "ShowPopup", "Confirmacion();", true);
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb310408(v=vs.110).aspx
La forma más fácil es tocando las propiedades de los distintos objetos. Por ejemplo el objeto Button tiene la propiedad Visible, la cual recibe como valores true o false. Además a este objeto le podés asignar el evento Click, que ejecutará el código que quieras que se ejecute.