Cita:
Iniciado por farfamorA 
Es bastante raro lo que mencionas. Aunque suene tonto, ¿probaste cerrando y volviendo a abrir Eclipse?
No suena tonto, de hecho fue lo primero que hice en su dia, el problema es que me pasa desde hace tiempo y hoy me he dado cuenta de cual era el problema de que mis programas no hicieran lo que deben, y es eso, que no se guardan ciertos cambios.
Buscando mas ayuda encontré esto http://stackoverflow.com/questions/7720087/eclipse-doesnt-save-files-before-running-debugging, y aun así sigue sin guardarme los cambios en ese archivo.