Hola francisco15:
¿Haz tratado de ejecutar directamente este comando desde CMD? es decir, no desde un archivo .bat. y si es así, ¿el backup se ejecuta correctamente o te aparece algún error?
Hay algunas otras opciones que podrías revisar, por ejemplo colocar un archivo Log para ver los posibles errores. Checa todas las opciones que te ofrece el comando MySQLDump
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/mysqldump.html
También puedes tratar de poner el comando entre comillas, es decir
Código:
start "C:\wamp\bin\mysql\mysql5.6.17\bin\Mysqldump -u root -p basededatos -R > %nombredeSQL%"
Saludos y esperamos tus comentarios.
Leo