Cita: Porque en windows funciona y en debian no?
Es complicado adivinar con tan poca información que compartes.
¿Crees que se deba a un error de programación en PHP o un problema de configuración de Apache?
Vamos, que también sería buena idea comparar ambas configuraciones de los dos ambientes para ver si todo es correcto.
Además, por último, sería inteligente de tu parte mostrar cómo es que accedes a las variables $_GET, ya que ahí también podría hallarse una pista.
En fin, ¿qué decir?