Pues lo más simple sería que crearas dinámicamente la consulta, dependiendo de la selección que se haga. Y en caso de que se seleccione ese "Todos", simplemente no le pones esta parte:
Código SQL:
Ver originalAND proyectos.estado = '" . $estado . "'
Eso es precisamente lo que ya te aconsejaron:
Código PHP:
$sql="SELECT * FROM proyectos WHERE idempresa = '" . $empresas . "' ";
if($_POST['estado'] == 'Todos'){
$sql.= " AND estado = '" . $estado . "' ";
}
$sql .= " ORDER BY estado";