Mmmh, quizá podrías usar las funciones de fechas de PHP:
http://php.net/manual/es/ref.datetime.php
Puedes pasar tus fechas de inicio y final a timestamp, hacer la resta y recorrer el resultado sumando (o restando) 1 día e ir guardándolo en la BD.
Siempre que se trabaja con fechas recomiendo que se utilice en timestamp y las funciones de PHP, ya que nos quita mucho trabajo como tener en cuentas los días de mes, años bisiestos, etc.
Dale una vuelta a ver si te sirve ;)