Pues sin el código fuente no hay muchas soluciones.
El decompilar só o sí lo tendrás que usar, aunque sólo sea para ver el código. Yo suelo usar este
http://jd.benow.ca/
Hasta ahora me ha funcionado bien, aunque nunca he vuelto a compilar, sólo miro el código.
Si quieres saber si podrás montar un sistema de caché similar en PHP, lo lógico es que preguntes en el foro de PHP.
De todas formas, viendo el código y si son cambios menores, también podrías extender las clases ya existentes y así podrías ir modificando poco a poco el código.