Yo haría lo siguiente:
Código PHP:
foreach ($arreglo2 as $value) {
$sql = "select * from tbpendientes where concepto in ($value) and cliente='ABC'";
$res = mysql_query($sql, $connection) or die('Error en consulta: ' ." ". mysql_error());
if(mysql_num_rows($res) == 0) {
echo " No existe ";
} else {
echo "Existe ";
}
}
Lo que estoy haciendo es recorriendo el array y que por cada valor me haga una consulta, yo opino que el implode que hiciste esta de más.