Que sea comodo no significa que sea la mejor opción... Lo más cómodo es hacer un diseño, subir toda la web como un jpg y listo, pero no por ser lo más comodo es precisamente la mejor opción. Y además, si trabajas con boostrap vas a hacer webs con el "mismo" diseño que tienen toodas las webs realizadas con ese "framework", y visualmente es algo que ya cansa bastante. Y en caso de que quieras modificar su diseño te va a llevar más tiempo, con lo que al final ni ganas tiempo ni haces una web bien optimizada.
De todas formas, esto tampoco es descargartelo y ya al instante optimizas tu tiempo, ya que tienes que aprender muy bien el funcionamiento de todas las clases y funcionalidades que trae Boostrap, que no son pocas precisamente.
Lo mejor y más óptimo, mucho mejor que usar boostrap, es que te desarrolles tú tu propio framework y trabajes con él.
Sobre tu duda. Supongo que te habrás descargado un archivo en el que hay varias carpetas (css, fonts, js...), simplemente creas tu archivo index y lo enlazas, para lo que necesites, con esas carpetas.
