Mi experiencia es que Wordpress mete mucho código prescindible, muchos themes vienen con errores de código que si lo intentas subsanar de forma manual se te echa encima toda la plantilla, mientras que una página con código propio tú eliges qué quieres poner, y lo harás bien (siempre que sepas programas, diseñar, etc).
En definitiva, Wordpress es más cómodo, ya que es instalar y buscar un theme acorde a la temática de la página y te guste, mientras que el código propio vas a necesitar más tiempo, dependiendo lo grande o no que quieras que sea.
Respecto al SEO... Te puedo decir que muchas empresas insertan plugins de SEO y dicen que ya hacen SEO... Los implementan mal y luego vienen los problemas.
