La verdad es que todo lo que necesitas lo puedes hacer con tan solo conocer la arquitectura de archivos de los templates, no requieres intervenir el core ni nada de eso.
En el siguiente archivo puedes ver la arquitectura completa para crear templates
http://codex.wordpress.org/images/9/...-hierarchy.jpg
Por ejemplo, supongamos que tienes una serie de categorias y quieres que la categoria con ID 7 tenga otro layout, basta con que crees el archivo category-7.php, lo mismo con page, tag, author, etc etc.
También te puedo mencionar que wordpress tiene varios modos de extenderlo, pero en ningún caso lo hagas modificando el core, ya que eso impedirá que en el futuro puedas actualizar wordpress, la idea es extender wordpress desde el template y para ello wordpress es capaz de procesar un archivo con lo que quieras extender, ese archivo debe llamarse functions.php. También puedes utilizar ezsql, la cual es la class de abstracción que utiliza wordpress, con la cual puedes tener acceso a la base de datos. Y por último te recomiendo leer sobre las funciones wp_insert_post(), wp_update_post(), wp_delete_post(), wp_publish_post(), wp_delete_attachment(), wp_get_attachment_url(), wp_insert_attachment(), wp_insert_post_data() que sirven para manipular contenidos desde fuera del wp-admin, por ejemplo podrías crear un pequeño panel de administración para tus usuarios.
Los plugins no lo te los menciono porque desde functions.php puedes hacer básicamente lo mismo, el problema de los plugins es cuando se abusa de ellos descargándolos incluso de fuentes de dudosa procedencia. La idea es que los sitios no se vayan convirtiendo en frankestein que luego se tornan difíciles de manejar llevando al caos y haciendo tus sitios muy vulnerables.
Saludos.