hola....
 
les cuento que he solucionado el problema de codificacion; simplemente en la conexion sqlsrv con Codeigniter he quitado el charset.    
Código PHP:
Ver original$character_set = (0 === strcasecmp('utf8', $this->char_set)) ? 
'UTF-8' : $this->char_set; $connection = array(    'UID'   => empty($this->username) ? 
'' : $this->username,                     'PWD'   => empty($this->password) ? 
'' : $this->password,                     'Database'=> $this->database,
                    'ConnectionPooling'=>$pooling ? 1 : 0,
                    'ReturnDatesAsStrings'=>1,
                                'CharacterSet' => $character_set//quitar esta posicion
                      );
  
Esto puede pasar porque los datos que obtengo de mi base ya venían codificados y posiblemente estaba volviendo a codificar y por eso se dañaba los acentos..