Estás duplicando la división sobre 100:
Código:
$porcentaje= $_POST['porcentaje'];
$aumentopor = $porcentaje /100; //esto sobra
$actualizar=mysql_query("UPDATE articulo SET pvp = pvp + (pvp * $porcentaje / 100) WHERE descripcion='".$descripcion."'", $conexion);
Fíjate a ver si es esto.
Saludos,