Cita: si las quito el sistema no funciona.
Que significa que no funciona? Que no compila? Normal.
Las librerias las debes tener disponibles en tiempo de compilacion. Lo que no debes hacer es no incluirlas al generar el war.
Si usas maven, revisa la documentacion de maven sobre los scopes:
http://maven.apache.org/guides/intro...pendency_Scope
Un saludo