Creo que estas pidiendo que te resolvamos toda tu aplicación, con todo respeto deberías inverstigar un poco mas.
De cualquier forma te dare algunas ideas que espero te funcionen:
Tienes que hacer el recorrido de items de tu checkboxList y validad si esta checked = true, si lo esta lo guardas en alguna lista o variable.
Los checkbox los debes obtener de la bd, tienen un atributo id y un value los puedes asignar con un datasource.
Ahora para ejecutar el procedimiento y asignar los parametros del procedimiento puedes hacer uso de System.Data.SqlClient o algo asi no recuerdo perfectamente como
tienes tipos de datos como SQLCommand, SQLReader, donde solo especificas tu cadena de conexión, ejecutar un procedimiento, una consulta y enviar parametros.
No esta de mas este link.
http://www.elguille.info/colabora/NE..._SP_en_ASP.htm
y asi hay varios deberias buscar un poco mas.
Saludos!