Guarda las id's del menú padre en un array, y luego extráelas, o simplemente usalas en un foreach:
Código PHP:
Ver originalforeach($datos['menu'] as $menu){
$datos['submenu'][] = $this->Model_menus->get_sub_menu($menu['id']);
}
$this->load->view('index',$datos);
No lo he probado, pero creo que así funcionaría.
Suerte