¿Conexión más segura?

[NueveReinas]

Estoy empezando con las bases de datos (MySQL), y me gustaría saber cuál es el tipo de conexión hacia la DB más segura sin contar con HTTPS.

Considero que la seguridad es muy importante pero no tengo casi ninguna idea de PHP+MySQL.

Mis dudas son:

1. ¿Algún ejemplo para registrar y conectar de manera segura un usuario con contraseña a una BD?

2. Si un usuario se registra con el mismo nombre que otro, ¿cómo verifico si ese nombre ya existe?

3. ¿Cómo encripto las contraseñas?

Quizá estas dudas sean básicas pero no me funciona la Wiki del foro :/

Gracias de antemano.