Buenas,
Respecto a lo primero no hay ningún problema:
http://docs.oracle.com/javase/tutori...jar/index.html
Solo tienes que agregar los *.java cuando lanzas el comando jar.
Si lo haces desde un IDE, debes decirnos desde cuál y cómo lo generas para que podamos ayudarte. En cualquier caso todos los IDEs más conocidos como Netbeans o Eclipse permiten claramente indicar si se quieren incluir los fuentes o no.
Respecto a la segunda pregunta... con la información que das es imposible responder nada. Pon al menos la estructura de tu jar y el código mediante el cual intentas acceder al fichero.
Un saludol