Tu .htaccess con las redirecciones deberá estar—necesariamente—donde está alojado el dominio original.
La redirección 301 manejará el tráfico y los enlaces desde la Web A hasta las Web B.
Pero la relevancia de contenido deberás redireccionarla con las etiquetas rel="canonical"
Dicho esto, Google irá desindexando el dominio A en favor del B
