Bien, esa es una buena razon. Si revisas en mysql.com la sintaxis de CREATE TABLE, creo recordar que existe una clausula IF [NOT] EXISTS para solo crear la tabla si antes existia o no. Si ya existia se carga los datos. Asi no te causara error. Tambien podrias dejarla tal cual, y usando la funcion mysql_errno() (
www.php.net/mysql_errno) hacer un if y mostrar un mensaje de "Tabla ya existe" si el numero de error coincide con el de tabla ya existe.
Saludos.