Hola primary:
Tratando de jugar al adivino, porque como menciona gnzsoloyo, la verdad es que no se entiende del todo tu problema, creo que lo que quieres hacer es algo así:
[HIGHLIGHT="MySQL"]
Código MySQL:
Ver original+------+--------+--------+
| id | fecha1 | fecha2 |
+------+--------+--------+
| 2 | 2020 | 2001 |
| 3 | 2000 | 2002 |
+------+--------+--------+
+------+--------+--------+
| id | fecha1 | fecha2 |
+------+--------+--------+
| 2 | 2020 | 2001 |
| 3 | 2000 | 2002 |
+------+--------+--------+
Es decir, una condicion, si fecha1 es mayor que fecha2, entonces se ordena por fecha1, en caso contrario se ordena por fecha2.
Dale un vistazo a ver si es lo que necesitas.
Saludos
Leo.