He realizado pruebas de conversión entre motores de tablas desde MyISAM a InnoDB, en tablas con y sin datos. Hasta ahora no he logrado replicar el error que nos mencionas.
¿Podrías pasarnos el CREATE TABLE que pedí?
Esto, asumiendo que "jy000371_eu" es la base y "ciudades" la tabla...
¿Estás seguro de la ubicación de la tabla "ciudades", no?