No utilizo cake, pero puedes usar composer para descargar y crear un proyecto. Existen diferencias por que lo que esta en github es el nucleo del FW, el cual reside en el directorio vendor cuando haces la instalación.
Código PHP:
Ver originalcomposer create-project --prefer-dist cakephp/app [app_name]
Si necesitas clonar el app, que supongo es lo que buscabas el repositorio es este:
https://github.com/cakephp/app