select count con varios parametros?

[gnzsoloyo]

Es algo medio sorprendente que esa sintaxis te funcione sin errores, porque estás usando mal los apostrofos...
Estás escribiendo los valores entre acentos (´), y no con apostrofos...
Además sin contar con que además no estás poniendo el AND en el WHERE para separar las condiciones:

Código MySQL:

SELECT COUNT(*) total 
FROM mitabla 
WHERE hora='03:21:48,089'  AND nivel=2;
 

Consejos:
1) Lee el manual ante los errores. Es lo que hacemos todos.
2) Usa apostrofos para cadenas de texto, fechas y horas. NO LOS USES para valores NUMERICOS, porque esconde los errores de programación, cuando faltan datos.
3) Acostumbrate a usar alias al aplicar funciones. Facilita luego acceder a los datos.
4) Usa algún editor con corrector sintáctico para MySQL. Evitarás errores de programación elementales.