¿Al menos has verificado tener la misma versión de PHP/SQLite en el servidor como en local?
Porque la única razón que falle, siendo que tengas las mismas versiones, es que ocurra un error al momento de ejecutar la consulta.
¿Cómo estás depurando el error en caso de ocurrir entonces?
Sin saber dicho error no solucionarás nada.