Buenas,
Tendrias que acceder del primer modo. El metodo "resources" solo esta pensado para acceder a sqlite dentro de un jar en modo lectura.
Como curiosidad, te pongo un link al mensaje que dejo el desarrollador de esta funcionalidad:
https://groups.google.com/forum/?fro...rJGk%5B1-25%5D
En realidad lo que hace es extraer la base de datos a un fichero temporal para poder leerlo.
Un saludo