JavaScript no funciona si accedo desde index.html

[pepettm]

Buenas gente, soy nuevo en el mundo de HTML, JavaScript, etc. Si bien hace mucho desarrollo estoy metiendo mano recientemente en esta tecnología.

Tengo un problema seguramente muy básico. Tengo una pag HTML que si accedo directamente a ella todas las funciones JavaScript funcionan perfecto, pero si accedo a través de un href de la pag principal nada de lo echo en JavaScript responde.

Ejemplo:
http://www.web.com/pag.html
ASI FUNCIONA PERFECTO

http://www.web.com
href pag.html
ENTRA CORRECTAMENTE A pag.HTML pero no responden las funciones JavaScript.

Debe ser un problema calculo muy sensillo, pero no logre encontrar nada por la red que me ayude.
Muchas gracias